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是 拟南 芥 等动物体 内 A S 与底物 、 造剂 复

2019-11-23| 发布者: nkszhn| 查看: | 评论: 0

  腺苷酸琥珀酸合成酶取其剂的机制研究_化学_天然科学_专业材料。操纵密度泛函B3LYP方式选择6-31G(d)基组对腺苷酸琥珀酸合成酶(AdSS)天然剂及其衍生物的布局进行优化,并对其不变性进行了阐发,同时采用Mulliken键序、原子电荷分布、表不雅静电势等对AdSS剂及其衍生物电子布局取其生物活性相关性进行了理论研究.基于腺苷酸琥珀酸合成酶(AdSS)取其底物肌苷单磷酸(IMP)复合物的晶体布局以及获得的天然剂衍生物不变构象,操纵

  V0 _ l 31 21 00年 2月 高 等 学 校 化 学 学 报 C HEMI ALJ C OURNAL OF CHI NES E UNI VERST ES II No 2 . 3 6 ~3 3 42 腺 苷 酸琥 珀 酸 合成 酶 取 其抑 制剂 的 分 子 机 制 研 究 汪月鹏 , 明安 , 王 杜凤 沛 , 东, 广伟 , 姚 张潘丹 , 慧哲 ( 中国农业 大学理学 院 , 10 9 ) 0 13 摘要 操纵 密度 泛函 B L P方式选择 63 G d 基组对腺苷 酸琥 珀酸合成 酶( dS 天然剂及 其衍生物 3Y -1 ( ) AS) 的布局进行优化 , 并对其不变性进行 了阐发 ,同时采用 Mu ie 键 序 、 lkn l 原子 电荷分布 、表不雅静 电势等对 A S dS 剂及其衍生 物电子布局取其生物活性相关性进行 了理论研究.基 于腺 苷酸琥珀酸合成 酶 ( d S 取其底 A S) 物肌苷单磷 酸(M ) I P 复合物的晶体结 构以及获得 的天然剂衍生物不变构象 , 操纵对接 、 子力学优 分 化及 常温动力学模仿对 A S 酶 取天然剂及其衍生物 的彼此感化复合物布局进行理论预测.成果表 dS 明 , dS酶 的系列剂 中磷酸根底团和乙内酰脲( yati) AS H dno 官能 团形成药效 团模 型 , n 识别 过程 中范德华 彼此感化能 的贡献大于静 电彼此感化能. 环节词 腺苷酸琥珀酸合成酶 ; 剂 ; 对接 ; 密度泛 函理论 中 图分 类号 O 4 61 文 献标 识 码 A 文章编号 0 5 -70 2 1 )20 3 -7 2 1 9 ( 00 0 -3 60 0 腺 苷 酸琥 珀酸合 成酶 ( d S 是 嘌呤 生物合 成 中的必需 酶J A S) .做为 除草剂 研究 的新做 用靶 标 , 过 通 动物体 内 A S 的活性而腺苷单磷酸( M ) dS A P 的生成 , 从而影响腺嘌呤的生物合成而导致动物 灭亡 , 到防 除杂草 的 目标. 达 N kj a aam 等 从 吸水链 霉菌 属提取 分 离 出一 种 天然 植 物毒 性 物 质 H dnoii,它是 一 种 核 苷酸 i yatc n d 布局类 似物 , 大大都 一年 生单 子 叶和双子 叶杂 草 的防治结果 取 草 甘膦 的相 当 , 对 比力难 防治 的 对 而 几 种多 年生杂 草 的 防 治 效 果 比草 甘 膦 的 好 ,对 哺 乳 动 物 、细 菌 、实 菌 和 鱼 类 等 都 低 毒 ,对 小 鼠 的 L > 00m / g . yat i n D。 10 gk H dn c i本身无 活性 , od 可做 为一 种前体 除草 剂 , 正在活 体植 物 内转 化为对 AS dS酶具有抑 制做 用 的动物 毒素J 从 而 动物 体 内嘌 呤 的生物 合 成 , 一 种天 然 除 草剂 .小麦 、 , 是 拟南 芥 等动物体 内 A S 取底物 、 制剂 复合 物 的晶体结 构被相 继解 析和报 道 _。, 就为理 解 酶取 dS酶 抑 5』 这 ’ 抑 制剂 的彼此做 用形 式提 供 了必然 的根据 . 本文 以 A S 的底 物 I d S酶 MP为布局 模板 , 取 1 选 J 55个 布局 雷同 物 ( 中 L 1一T 其 2取 A S dS酶 的做 用 机制 已有文献报道 , 其余化合物取 A S 酶的具体感化体例以及识别尚不清晰 ) 正在操纵密度泛 dS , 函理 论对 其空 间布局 进行 优化及 振动 频次 计较确定 其 不变 构象 的基 础 上 , 过度 子对 接 、 力学 优 通 化及常温动力学模仿切磋 A S 酶取剂的感化模式 、 dS 识别区域 , 并连系 u — 5的电子布局对 L 抑 制剂 的布局 取功 能关 系进行分 析 ,以期 为新 型 A S dS酶抑 制剂 的设想 取开辟 奠基 理论 根本 . 1 计 算 方 法 11 量 子化学 计较 . A S 酶剂 L ~ 5及 I P的布局( 1 均颠末量子化学计较 , dS 1 L M 图 ) 所有计较均采用 G us n 3 asa 程 i 0 序包 , 于 天然 剂 H dnoii( 1 及其 衍生 物 (2一【 的几何 构 型 先采 用 H 对 yatc n L ) d L 5) F方式 正在 32 G -1 基组程度前提下进行初步优化 , 正在预优化的根本上采用密度泛函理论中 B L P 3 Y 方式 正在 6 1 ( ) - G d 基 3 组程度 下对 剂进行 构型 的全优 化计较 ,并通过 振 动频 率 的计 算对 其 热稳 定性 进 行 了评价 .计 收稿 日期 : 09 6 2 0  ̄52 . 基金项 目:国度 天然科学基金( 核准号 : 0 7 10 赞帮 . 2725) 联系人简介 : 慧哲 , , 女 博士 , 副传授 ,九五至尊, 次要从 事农药设想研究. — a : uz0 8 a o.01 n E m i l 2 0 @yho01 c l h 1 . 汪 月 鹏 等 : 苷 酸 琥 珀 酸 合 成 酶 取 其 抑 制 剂 的 分 子机 制 研 究 腺 n) _ 37 3 " 0 一 — I =O 2 H H : H0— 1 8 L1 一 L2 H H L 3 L 4 L 5 Fg 1 Srcu ef d Sihbtrn ss btae I i. tu trs S n ii sa di


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